Начиная с версии 2.1.230 появилась возможность создавать несколько разных группировок для счетов - планы счетов.
http://dervish.ru/bugs-item.202/
 
Можно создать такой альтернативный план, и в нём объединить все счета одного проекта в одну группу.
Тогда суммарный остаток этой группы и будет искомым "балансом проекта".
 
Про галочки в "остатках по счетам" тогда можно будет забыть.
Если, конечно, помимо текущего "баланса" не нужно отслеживать и его динамику.