В линуксе обычная процедура -- устанавливать программы под root (аналог администратора). Далее сам пользователь (даже если он и есть админ) работает с программой под другим аккаунтом, с ограниченными правами. Это обычная практика в защищенных ОС, только непривычно все это, переходя с Win98. Кстати, для установки можно просто запустить файл setup.exe с правами админа через RunAs.
 
Dervish: Кроме того, надо проверить, устанавливается программа под Windows`95 или Windows`NT, существует ли папка `Application Data` (в Windows`95, если не ошибаюсь её совсем нет?)....
 
Маета!