...сохраните файл под новым названием и дальше работайте с этим новым файлом.
 
Еще раз. Программа переходит в режим "только чтение" лишь в случае, если она не может (по каким-то причинам) записать данные в текущем файле. Невозможность может вызываться как внешними причинами (диск недоступен для записи или у файла установлен атрибут "только для чтения"), так и внутренними (например, программа открыла файл с устарелым форматом записи - прочитать его может, а записывать в старом формате не умеет).
 
Если вы проверили все внешние причины, возможно, что действительно файлы данных были записаны в старом формате. Чтобы убедиться что дело именно в этом, попробуйте сохранить данные под новым названием и затем открыть программу уже с заново сохраненным файлом. Вроде как она уже не должна перескакивать в режим "только для чтения".