Только что проделал всё как вы описали. Если вы остаток (3 тыс.) ввели датой после прихода (5 тыс.) - у вас должно получится сумма  3000,00. Если же задним числом (до прихода), то сумма должна стать 8000,00.
Может у вас более ранняя версия программы где присутствует ошибка в работе с остатками
Рекомендую просто выбросить счёт и сделать всё по новому и правильно.
Операция "Остаток" используется в случае, если пользователь некоторое время не добавлял записей, а за это время сделал ряд расходов или приходов, предназначение которых уже не может вспомнить. То есть, операция "Остаток" служит для приведения в соответствие данных учёта, реальной сумме в вашем кошельке.
По мне, так эта операция вообще не нужна. Но, насколько я знаю, некоторые пользователи очень просили о ней автора программы