Я говорил об остатках, находящихся в вашем управлении, но не  собственности.
 

Каждые деньги имею как минимум два признака:

Да не деньги имеют признаки, признаки имеют счета на кот. они находятся и операции, которые их перемещают.
 

Насколько я понимаю, в этом случае потеряется целостность текущей картины по счетам в банках и кассе?

Это не так. Но вам придется продумать более сложную чем есть структуру счетов, а также более сложные варианты движения средств между ними. К сожалению, сейчас в программе нет возможностей для групповых операций и соотв. шаблонов, поэтому вам также придется писать регламент, описывающий набор проводок для ваших транзакций.