Я немного удивлен тем, что операция "отрицательного" расхода не вызывает у вас большего неприятия чем операция прихода.
 
Если вам так уж не нравится операция прихода, тогда создайте отдельный счет "Взаиморасчеты", операцию расхода, которую вы сделали при покупке товара измените на операцию перевода. А полученное возмещение оформите обратным переводом со счета взаиморасчетов на счет наличных.
 
А я, в своей базе данных, если у меня возникает ситуация, аналогичная вашей, просто удаляю операцию расхода. Как будто бы я и не покупал этот товар. Я просто не вижу смысла засорять базу данных лишней информацией.