реализацию имеет смысл оформлять переводами:
склад -> магазин -> касса
поступление на склад, как вариант, перевод со счета касса, на счет склад (ну или, что более вероятно, через какой-то из долговых счетов).
наценка - это операция прихода либо на счет магазина, либо на счет кассы (в зависимости от того, куда может товар перемещаться из магазина).
Мне как-то так кажется...