если обязательно нужно видеть отложенные деньги на проект то конечно надо заводить отдельные счета под проекты. но если этого не надо то достаточно смотреть финансовый результат в отчете по проекту а деньги пусть все будут на одном счете. все-таки откладывать деньги на проекты на отдельных счетах это не совсем красиво - лучше пользоваться бюджетом для этих целей