Если вы создаете под проект отдельный счет, то вам не нужен уже проект как отдельный классификатор. Всю необходимую вам аналитику вы получите в разрезе этого счета. Либо в разрезе классификатора проекты и тогда все деньги лежат на одном счете. все эти вещи (счет, проект и т.д.) это всего лиш аналитические пометки на операциях чтобы потом делать отчеты - у вас получается что функции пометки счет и проект дублируются. И проясните что значит "учесть взаимные расчеты" - не совсем понятно для чего это.