"Проценты по остаткам" (депозитов и кредитов) зависят не только от суммы и процентной ставки, но и от срока - есть разница дали вы долг (или получили) на месяц или полгода.
"Комиссионные проценты" зависят только от суммы и ставки, более того возможна ситуация (пример Сбербанк)/b комиссия 3% min 3 руб, max 2000 руб. Никаких "галочек" не хватит. Проще все же комиссию проводить отдельной операцией.
 
Dervish: Да, а вот с процентами по остаткам при реализации придётся попотеть. Только в начислениях процентов будет некоторое количество настроек.