Комиссию можно проводить как отдельную операцию расхода.
И эта операция расхода логично связана с другой опреацией (допустим перевода).
Возможно, удобнее было бы не вводить "навороты" наподобие комиссии и т.п., а реализовать связывание операций, т.е. операции перевода и расхода комиссии связываются. (Другой вопрос, как это удачнее реализовать в программе).
 
В моем случае это будет полезно и в следующем:
Я не веду дополнительную классификацию по Агентам и всех агентов ввел в виде отдельных счетов. Это позволяет вести учет долгов и учитывать различные операции дарения с данными персонами (последнее осуществляется за две операции: перевода на их счет и расхода по нему). Такой подход позволяет избежать дублирования одних и тех же агентов в Счетах (они там нужны для учета взаиморасчетов) и в Классификаторе Агенты, я их ввожу только в Счетах.
Так вот, группировка смежных операций позволит соединить операции дарения, описанные двумя проводками в программе.