Я бы начал со следующего.
- завёл бы валюты. Валюты нужны для открытия счетов.
 
- Завёл бы счета. Счёт это "место нахождения денег". В качестве примера у меня счета разделены на
*Безнал
*Долги
*Заначка
*Наличка
 

1. Безнал
1.1. Пластик
1.1.1. Visa
1.1.2. MasterCard
......
1.2. Депозиты
1.2.1. в одном банке UAH
....
1.3. Остатки на р/с
1.3.1 Остаток в банке №1
 
2. Долги
2.1. Я должен
2.1.1. Долларовый кредит
2.1.2. Кредитная карта
2.1.3. Кредитная линия в банке
2.1.4. Долги родственникам  
2.2. Мне должны
2.2.1. Коллеги  
 
3. Заначка
3.1. Заначка на работе
3.1.1. Заначка на работе USD
3.1.2. Заначка на работе EUR
3.1.3. Заначка на работе UAH
3.1.3. Заначка на работе RUB
3.1. Заначка дома
3.1.1. Заначка дома USD
3.1.2. Заначка дома EUR
3.1.3. Заначка дома UAH
3.1.3. Заначка дома RUB
 
4. Наличка
4.1. Кошелёк
4.2. Авто
 

Необходимо тщательно продумать структуру счетов. Это значительно облегчает работу и отчётность. Но структуру счетов можно поменять в любой момент.
 
- Устанавливаешь остатки по счетам.
С этого момента остатки в программе должны совпадать с реальными остатками.
 
- делаешь классификатор. От установленного классификатора зависит разрез отчётов, который ты можешь получить. Самый простой классификатор это приход, расход. Этих двух статьей в принципе достаточно для учёта, но без более детальной классификации ты не сможешь оптимизировать бюджет. Ты можешь ввести дополнительные классификаторы. Как правильно заметили неограниченное кол-во. Но это сильно затруднит и работу и анализ. Я считаю, что достаточно двух классификаторов, а именно "статья" (приход, расход) "Дополнительно" (здесь все проекты, которые придут тебе в голову).
Пример, классификатора "Статья"
1. Все статьи прихода
1.1. Название работы
1.1.1. Аванс  
1.1.2. З/п  
1.1.3. Премии и другие выплаты  
 
1.2. Бизнес
 
2. Все статьи расхода
2.1. % по кредитам.
2.1.1. % по гривневым кредитам
2.1.2. % по долларовым кредитам
2.2. Гигиена
2.2.1. Порошки, мыло.
2.2.2. Моющие средства
....
2.3. Животные
2.3.1. Собака
2.3.1.1. Корм
2.3.1.2. Здоровье
2.3.1.3. Др.
2.3.2. Кошки
2.3.2.1. Корм
2.3.2.2. Здоровье
2.3.2.3. Др.
 
2.4. Жилье
2.4.1. Вода и стоки
2.4.2. Газ
....
 
2.5. Здоровье
2.5.1. Врачи
2.5.2. Лекарства
 
2.6. Одежда
2.7. Обувь.
2.8. Подарки
 
2.9. Продукты
2.9.1. Алкоголь
2.9.2. Быстрого приготовления
2.9.3. Десерт
2.9.4. Крупы
2.9.5. Масло, жир, сало)
2.9.6. Молочные
....
 
2.10. Связь
2.10.1. Стационарная.
2.10.2. Мобильная
 
2.11. Транспорт
2.11.1. Общественный
2.11.2. Личный
2.11.2.1. Бензин
2.11.2.2. Автомойка
....
2.12. Благотворительность.
 
2.13. Неучтённые расходы.
 
Разумеется, это пример. Ты сам определи нужную для тебя структуру доходов/расходов. От этой структуры будет зависит разрез получаемых отчётов. Например, ты можешь завести продукты, из продуктов можешь выделить молочные продукты, а молочные продукты разделить на молоко, ряженку, кефир, йогурт и т.д.
Но я не рекомендую расписывать слишком подробно. Именно из-за ненужной подробности многие люди престают вести свой бюджет, т.к. такая излишняя подробность сильно затрудняет ввод.  
 
Кроме статей прихода/расхода у меня есть классификатор "Дополнительно", то что раньше называлось проект. Это нужно в том случае, если твои расходы/доходы необходимо разделить по какому-нибудь дополнительному признаку. К примеру, ты можешь покупать продукты питания для членов своей семьи, для своих престарелых родственников, в благотворительных целях.
 
Это коротко. Начнёшь работать разберёшься.