У меня, в основном, три уровня вложенности. Где был один или два объединил статьи расходов, где было больше, разукрупнил, по возможности, осталось 2-3 уровня. Вполне удобно.
 
Второй способ у меня вызывает большие сомнения. Первый уровень статей во второй классификатор все равно нужно будет забивать.