Есть такой бесплатный движок БД.
Очень шустрый, не большой по размеру.
Плюсы:
  - поддержка SQL (в том числе транзакции, которые не так просто реализовать вручную);
  - один файл БД (что мы видим и в данной замечательной программе);
  - открытость - можно будет не затрагивая саму программу писать различные утилиты, например для импорта/экспорта.
 
Минус вижу один - нужно частично переписать код работы с БД.