Про 2 варианта на скачиквание это логично и понятно. Вопрос в другом - будут 2 версии АС одна из которых устанавливается через инсталятор и умеет "некоторые интересные вещи", которые даже чисто теоретически будет невозможно реализовать во второй версии прораммы без инсталятора.
Именно этот смысл (программа одна, но варианты исполнения как бы Lite и Pro ) когда говорил, про разную функциональность. =)
Но, на самом деле, эти опасения не так критичны... потому как дальнейшее развитие проекта видится "смутно".