Можно гистограммы разного уровня вложенности рисовать разными цветами (или оттенками цвета). Примерно как на круговых диаграммах. Первый уровень - один цвет, второй - другой и т.п. Тогда хотя бы уровни не будут путаться
 
Dervish: Хорошее предложение. Спасибо. Я попробую - посмотрим, что получится.