Какая разница, какими купюрами рассчитываться, своими или командировочными? Ведется учет купюр или учет обязательств? Для учета обязательств достаточно способа описанного мной, то, что командировочные деньги физически смешались даже хорошо - легче проверять остатки в одном кармане, чем в нескольких.