Вот только учитываться она должна не как-то "особенно", а как обычный расход. По статье "комиссия банка". Или, для тех кто использует двойную запись, как отдельная операция перевода на счет учета комиссии.
 
Действительно не надо придумывать новых сущностей, каждый пользователь для себя ведет учет расходов и комиссии должны учитываться так, как это нужно пользователю.
 
Вся проблема, как мне кажется, даже не в том, что в операции не хватает поля "банковская комиссия". А в том, что операцию учета комиссии приходится вводить отдельно, да еще и расчитывать сумму этой комиссии.
 
Мне кажется, что должен быть автоматизирован ввод комиссий.