...командой из меню "Файл", то операции и не должны сортироваться. Точнее, они должны выгружаются в порядке создания операций (если память мне не изменяет).
 
А вот если вы выгружали из меню "Действия" на странице операций, тогда сортировка должна быть. Странно если она не сохраняется.