>"А если операции по данному контрагенту ведуться по разным счетам? На каждом из этих счетов заводить субсчета?"
 
А разве не достаточно иметь счета взаиморасчетов со всеми конрагентами и ЛЮБУЮ операцию проводить через этот счет. Я, конечно, имею в виду двойную запись, когда операции, не являющиеся переводами - редчайшее исключение.