...в какой версии вы это делали.
 
Если в первой версии (1.0 - 1.4) то единственное объясление этому состоит в том, что вы таки не все операции удалили. Вам обязательно нужно проверить остатки по тем счетам, по которым они неверны. Наверняка там есть "лишняя" операция.
 
Если же во второй версии (AbilityCash 2.0), то там дело с удалением счёта обстоит немного хитрее: если в базе были операции перевода с удаляемого счёта на любой другой, то эти операции не удаляются вместе со счётом, а превращаются в операции прихода по этому другому счёту.
 
Соответственно, если там были операции перевода с другого счёта на удаляемый, то они будут превращены в операции расхода.
 
Пересчитать все остатки во второй версии можно изменив начальный остаток по счёту.