А мне представляется, что надо подходить дифференцированно по каждому параметру. Какие-то просто обязательно должны храниться в реестре, например, местоположение окна. А какие-то, только в файле базы данных.
 
Кстати, небольшая иллюстрация моих слов: Вы не обращали внимания, что Excel сохраняет в текущем WorkBook-e положение активной ячейки? А Word, кстати, не хранит форматирование текста в реестре.