Иконка TheBat! в трее может быть настроена под Ваши желания. Хотите - будет висеть постоянно (независимо от того открыто или свёрнуто окно программы), хотите - не будет там вовсе появляться, хотите - будет появляться только при свёртывании окна программы. См. соответствующие опции TheBat!. Более гибкой настройки я не встречал ни у одной программы.
 
Dervish: Спасибо, я посмотрю, как это сделано в TheBat!