Проблема в том, что недостаточно просто "разделить дерево на два поддерева". Там ведь еще и с операциями нужно что-то сделать. Скажем, если одна и та же статья использовалась и в операции прихода и в операции расхода, то из нее должно получиться две статьи. Одна для операции прихода, вторая - для расхода. И поэтому придется не только вносить изменения в структуру статей, но и перелопатить все операции проверяя, правильная ли статья указана для операций. Из той ли ветки, как нужно.
 
Не думаю, что я это смогу изложить в виде аналогичной инструкции.
 
Ну если очень хотите попробовать, то просто создайте новый файл данных в программе, введите несколько статей прихода и расхода, пару операций прихода и расхода. Потом следует выгрузить все в Excel и посмотреть, как оно там получается. Ну и сделать по аналогии на актуальных данных. Если что-то не будет получаться, могу подсказать. Но полноценной инструкции придумать не могу, потому что Ваша задача сложнее, описанной ранее "задачи наоборот".