- отмечать экспортированные операции - думаю, не надо. При двойном экспорте из телефона на комп, в Абилити дубли не создаются, я проверял. А если файл потеряется по дороге от телефона до компа?

Дубли как раз создаются при двойном экспорте на комп. Так что чистить историю нужно будет ручками в любом случае. Главное про это не забыть. Вот для таких моментов я и предлагал делать отметку об экспорте на комп. Это как вариант что бы не чистить постоянно историю и сохранять операции. Я так в свое время в одном приложении реализовать для экспорта операций в абилити.