Если я что-то в чём-то понял, то синхронизация компа с ведроидом должна производиться функцией "Загрузить основную базу".
 
А обратная синхронизация - с помощью файла XML, сбрасываемый с ведроида на комп.
 
Исходя из логики, после каждой такой операции следует вычищать историю транзакций на Андроиде, чтобы последующая синхронизация не захватила уже синхронизированные ранее транзакции. И это следует указать в инструкции.
 
ИМХО, конечно.