...хотя это не делает менее бестолковой Но так уж исторически сложилось.
При раскрытии сообщения его дата сравнивается с меткой в куках. Если метка более ранняя, то она заменяется на дату раскрытого сообщения. С этого момента, все сообщения раньше этой даты считаются прочитанными.
То есть если начать читать форум с конца (с самого свежего сообщения), то весь форум окажется отмечен прочитанным.
Если понимать эту схему, то получается достаточно удобно. Вопрос в том, как сделать удобно и для тех, кто ее не понимает?