Причина была в том, что указанная настройка работала только на этапе загрузки данных и использовалась для выбора, какие настройки страницы загружать, рабочие из прошлого сеанса или сохраненные. А при закрытии файла данных, настройки все равно сохранялись. То есть, настройка работала верно при запуске программы. Но все равно записывала.
 
Что я сделал:
 
1. Доработал сохранение данных. Теперь если в настройках не установлен флажок "Сохранять настройки после каждого изменения", программа не будет сохранять настройки. То есть, вообще не будет даже пытаться это сделать. Соответственно, никакого изменения файла не будет.
 
2. Если флажок установлен и настройки во время сеанса работы не изменились, то программа тоже не будет обновлять файл. Сделано это путем простого сравнения настроек. Если настройки всех страниц точно такие же, как при открытии файла, то ничего не пишем. Однако, если на некоторой странице изменилась, например, ширина столбца или если пользователь раскрыл элемент дерева статей, то это будет считаться изменением и файл данных будет обновлен.
 
Ждем следующую 260-ю сборку.