... но все же я не понимаю чем именно: есть два режима представления классификаторов, мне кажется логика остальных инструментов должна быть в рамках этих режимов.
 
В конце концов, даже в случае объединенной ветви для расходов и доходов, внутри этой ветви статьи прихода и расхода все равно разделяются. Поэтому для того, чтобы разделить приходные и расходныеобороты в отчете, достаточно устанавливать классификаторы операций из соответствующих подветвей.
Если же мы сознательно делаем, скажем, приход в расходной статье, то значит мы так и хотим это видеть в отчете, верно ведь?