Да, такой способ использования тоже заложен, но пока не очень удобен в использовании. Вот как надо действовать:
 
1. Из АС делаем экспорт всей базы в <ac-file1>.xml
2. Создаем файл <ac-file1>.properties в кодировке UTF-8, кладем его рядом с <ac-file1>.xml. Внутрь <ac-file1>.properties пишем:
category=<имя классификатора статей, обычно Статья>
payee=<имя классификатора для контрагентов>
project=<имя классификатора для проектов>
3. Запускаем finmerge, чтобы добавить данных их Financisto:
java -jar finmerge-2.02.jar merge <ac-file1>.xml <financisto>.backup -out <ac-file2>.xml
В файле <ac-file2>.xml получаем объединенные данные
4. В АС создаем пустую базу и импортируем туда <ac-file2>.xml
PROFIT!
 
К сожалению, Ваши бюджеты и отчеты останутся в старой базе. Можно их один раз вручную создать на пустой базе перед шагом №4. Со временем я допилю какой-нибудь ключ, чтобы в <ac-file2>.xml попадали только новые записи, а не вообще все. Тогда такой файл можно будет импортировать непосредственно в Вашу текущую базу. Для шагов №1 и №4 я попросил Dervish'a сделать опции командной строки, чтобы можно было всю эту схему засунуть в скрипт.