Но в настройках классификаторов (например, Статей) можно разрешить использовать одни и те же статьи и для приходов, и для расходов.
 
Тогда вместо двух раздельных деревьев статей "Все статьи прихода" и "Все статьи расхода" будет одно общее - "Все статьи".
 
Хоть это и решит вашу проблему, в использовании такой вариант не очень удобен.
 
Как вариант, можно завести дополнительный классификатор (скажем "Проекты") без разделения по типам операций.
И тогда поступление денег у вас будет проходить операцией прихода с Статья = Аванс, Проект = А
А возврат части выплат - операцией расхода с Статья = Возврат, Проект = А.
В отчётах тогда нужно будет смотреть баланс не по статье, а по проекту.
 
Про свойства классификаторов, и как создать дополнительные см. в разделе сайта "Документация".