Лично я для шифрования данных пользуюсь программой Dekart Private Disk Light www.decart.com. В автозагрузке висит команда, которая при запуске компьютера спрашивает пароль на подключение. Если диск подключен, то он видится как съемное устройство типа Flash, т.е. ему назначается обычная буква диска, видимая отовсюду. Сильного уменьшения скорости при чтении/записи на такой диск я не заметил.