Данные хранятся в разных файлах, и программа будет работать только с тем, который открыт в данный момент.
 
Для быстрого переключения между файлами удобно использовать пункт меню Файл > Базы данных.
 
Отдельный вопрос: насколько удобно вести учёт по-отдельности?
Например, если обе эти компании, скажем, платят вам, то ни в одном из файлов вы не будете видеть своего полного дохода. Часть его будет в файле А, а вторая часть - в файле Б. А сумму придётся каждый раз вычислять "в уме".