Как раз работают и именно так, как и должно быть.
 
Если нужно сделать так, чтоб счета не пересекались в разных планах счетов... создайте просто второй файл данных и в нем свой собственный план счетов.
 
Ну либо сделайте в каждом плане счетов папочку "Этих счетов тут быть не должно". И все. И вынесите в нее все счета, что Вам не нужны в этом плане счетов.