...сгенерировать операции по такой скидке при помощи Excel-я. Технологически это делается так: экспортируются операции, по которым нужно начислить скидку, далее формулами проставляется сумма скидки, модифицируются счета и полученный файл импортируется обратно в программу.
 
Может быть это не самый быстрый вариант, но он будет куда быстрее, чем вручную вводить эти скидки.