Всё, что выше списка операций, - это фильтр: период, счёт, статья, если есть - классификаторы.
Проверьте, удовлетворяет ли добавляемая операция всем этим значениям. Указанное Вами сообщение появляется, если хотя бы что-то одно (дата, счёт, статья) не соответствует выбранным значениями.
В этом случае если Вы ответили на запрос "Нет", операция не добавится в список (равнозначно выбору "Отмена"). Если ответили "Да", то операция добавится в список, но не будет видна.
Попробуйте выбрать большой период, убрать счёт, статью, все классификаторы (нажать на "крестик"). Можно выбрать "Все счета" в поле "По счёту". Если Вы много раз отвечали "Да" на запрос о добавлении операции, то после такой "очистки" фильтра увидите в списке много добавленных Вами операций.
Кстати, проверка на соответствие фильтрам устанавливается из меню программы настройкой "Сервис - Настройки программы..." (F9). На закладке "Операции" есть раздел "Диалог операций" - настройка "Не проверять соответствие фильтров". Поставите "галочку" - сообщение не будет появляться.
Но я эту "галочку" не выставляю, а то не видя можно забыть и ввести одну и ту же операцию несколько раз. А потом долго думать, почему "суммы не идут".