Я сейчас перепроверил исходный код. Ну и попробовал еще раз его прогнать на моих собственных данных. В общем, дублирование с порядковым номером ("Статьи (1)") возникает только тогда, когда хотя бы что-нибудь из параметров классификаторов не совпадает. Например, классификатор в файле данных идет с разбивкой на дерево приходов и расходов, а классификатор в импортируемых данных идет с единым деревом.