...по пунктам:
 
1) Если делать команду закрытия файла данных, то, по идее, после закрытия программа должна показывать пустой файл данных. Я так понимаю, что следующее ваше действие после закрытия текущего файла данных будет заключаться в открытии другого файла. Ну или закрытия программы. Ведь новый файл данных мы создаем не каждый день, верно? Посему вопрос: зачем нужна команда закрытия текущего файла данных, если можно сразу открыть новый файл в запущенном экземпляре программы или просто закрыть программу?
 
2) Открываете закладку с соответствующим деревом (например, закладку "Статьи"), выбираете ненужную (созданную ошибочно) статью и нажимаете на клавиатуре кнопку "Delete". Должно удалиться. Нет?
 
3) По этому пункту не знаю, возможно будет сделано в будущих сборках. Но не в ближайшей, это точно.