В рекомендациях лучших пингвиноводов от GnuCash усмотрел следующее:

Общей ошибкой является ввод возвращенных денег как доходы. Это не доходы, а скорее "отрицательные расходы". Именно по этой причине вы должны перевести деньги с расходного счета на счет кредитной карты при получении возврата средств.

A common mistake is to enter a refund as income. It is not income, but rather a “negative expense”. That is why you must transfer money from the expense account to your credit card when you receive a refund.

 
В оригинале этот "отрицательный расход" обзывается "Refund" (п. 6.5.3)