Даже несмотря на то, что я подразумевал, что версия для наладонника будет служить скорее для оперативного ввода операций, чтоб не забывать ввести ее потом. В общем, судя по Вашему посту, если XML-версия хранения файла данных еще может подойти для настольного компьютера, то для наладонника она не пойдет и, действительно, нужно смотреть в сторону нормального движка СУБД.
 
С другой стороны, если переносить данные в настоящую реляционную СУБД, то неизбежно возникнут трудности с многоуровневым undo/redo, от которого, по крайней мере, для настольного компьютера очень не хотелось бы отказываться. Хотя, для наладонника, наверное, это не столь важно потому что вряд ли там возникнет необходимость в массовых правках/удалениях данных.