по поводу лекарств: из любого правила всегда есть исключения. Однако по моему опыту, подавляющее большинство скидок преоставляется на всю сумму покупок.
 
не париться с учетом скидок не получается: заметная часть моих расходов идет по карте и хотелось бы совпадения банковской выписки и остатков по счету КК в программе.
 
По варианту #1 скажу, что именно так я сейчас и веду учет, поэтому и вижу его недостатки.
Оценивать лояльность магазина наверное нет смысла: разброс цен во времени на один и тот же товар в рамках одного и того же магазина часто превышает суммы скидок.
 
Накопительные скидки я учитываю аналогично варианта #1, с начислением рублевой стоимости "баллов" на счет бонусной карты ("Пререкресток"). Мелкие покупки (хлеб) я в реале оплачиваю "баллами" с карты и при таком подходе учет этих операций в программе не вызывает вопросов.
 
Возвраты можно учитывать по-разному. У меня собсно возвратов пока не было, но имела место реализация ранее купленных товаров на "вторичном рынке". Пока я обходился приходной статьей "Реализация", но есть мысли завести в счетах группу "Имущество" и такого рода операции проводить переводами по соотв. счетам.
 
Магазины, которые "существуют вне правил какого-либо учета" все равно приходится как-то учитывать и помимо "скидка круглый год" есть еще интересный в плане учета вариант "купи три по цене двух".