при покупке лекарств скидка не "пропорциональная", - на отечественные есть и большая, на импортные ее может не быть вообще.
Если нет времени - не парься с учетом скидок.
А есть время - возможны варианты учета :
1. в расход вбивается сумма по чеку + скидка. Скидка оформляется приходом по статье бонус по данному агенту (магазину, аптеке) той же датой.  Таким образом, итог всегда правильный и существует возможность оценить "лояльность" к покупателю того или иного магазина по сумме скидок.
2. многие супермаркеты предоставляют "накопительную" скидку, которую можно в какой-то момент реализовать при очередной покупке в этом супермаркете. Обычно такая скидка на следующий год не переходит. Так вот, такие скидки лучше оформлять невыполненным приходом по статье бонус по данному агенту. В очередной раз направляясь за покупкой, профильтровал по данному агенту накопленные бонусы и имеешь предствалнеие, на сколько можно уменьшить затраты на очередную покупку.
Что касается возвратов. Их все-же лучше выполнять положительным приходом по отдельной статье. Знакомый купил диван за несколько сот у.е. После более полугода экплуатации через общество потребителей вернул диван в магазин по причине хронического скрипа подушек дивана. От покупки нового дивана в этом магазине отказался. Если операцию покупки отменить, как предлагалось, либо вернуть деньги днем покупки, то не будет видно, что "оборотные средства" моего знакомого в течение полугода были на несколько сот у.е. меньше ...
Про учет скидок в магазинах, где купальник стоит 2500 у.е. а скидка составляет -70% круглый год, говорить нечего. Такие магазины существуют вне правил какого-либо учета.