Сам дервиш Вас уже направлял на правильный ответ.
Хитрость вот в чем.
Нужно не 2 счета а 4.
у Вас есть проекты А и Б,
Создаем счет "Проэкт А" и счет "Проэкт Б" на этих счетах будут находиться средства которые задействованы только под эти поэкты.
Создаем еще 2 счета "Нал" и "Безнал" на них будут храниться средства которые вы выводите из общих проэктов (свободные средства).
Дальше реализуем.
1. поступили 1000 грн.
1.а. приход на счет "Проэкт А" 1000 грн.
2. Срочно оплатить материал по проекту Б на 500 грн.
2.а. перемещение 500 грн. со счета "Проэкт А" на счет "Нал"
2.б. перемещение 500 грн. со счета "Нал" на счет "Проэкт Б"
2.в. расход денег со счета "Проэкт Б" 500 грн.
В этом случае Вы контролируете всю ситуацию. При этом раскладе Вариантов может быть дофига.
И самое главное - Вы сможете Видеть, если деньги на счетах "Проэкт" то они заложены обязательно под данный проэкт и их трогать нальзя, а на счетах Нал и Безнал, Вы будете видеть какими свободными средствами распологаете.