вряд ли сильно коряво.
групповых операциё нет во многих программах домашнего бухучета.
с помощью групповых счетов, открывая в каждом дебетовую и кредитовую сторону, вы видите задолженность, а в сумме группы - выравнивание, доходен ли проект в целом.
дебетовую сторону также можно сделать групповой, а тогда счета проектов - расчетными счетами, тогда вы приблизитесь к обычной развертке счета "по контрагентам".
вообще, надо помыслить "для учебника". может как-то использовать чек-бокс "Использовать в переводах"? По идее, тогда в отчете по статьям расходов мы увидим (если статьи - проекты), сколько какой проект кому должен.