У меня даже и мысли не было, что могут возникнуть сложности из-за отличий наборов классификаторов для операций прихода и расхода. А ведь в этом действительно есть нерешенное противоречие.
Ваше решение с жестким указанием, будет операцией Остатока операцией прихода или расхода, мне кажется разумным.
К тому же через введение двух смежных операций Остатка (прихода и расхода) можно будет добиться функциональности Остатка, когда он сможет быть и приходом и расходом.
А в будущем можно будет эти операции связать, когда объединение операций будет реализовано.
 
Кстати, для меня практически актуальность данной операции пропала. После покупки коммуникатора, я взял за правило записывать все операции  (в качестве заметок), по которым мне не дают чеков. Недавно вернулся из командировки. Ошибка составила всего 10 рублей.